20 апреля 2020
Новый алгоритм позволит быстро выявить мутации коронавируса SARS-CoV-2 и определить генетический подтип патогена, которым заражён конкретный пациент. Это поможет в разработке лекарств и вакцин, а ещё в оценке эффективности карантина.
Разработка описана в препринте научной статьи, опубликованном на сайте bioRxiv группой во главе с Гейл Розен (Gail Rosen) из Университета Дрекселя в США. Исходный код алгоритма выложен в открытый доступ.
Любые вирусы легко мутируют. Вот и виновник нынешней пандемии уже разделился на несколько подтипов. Между тем мутации могут влиять на вирулентность (заразность) патогена и течение заболевания, а также выводить коронавирус из-под удара лекарств и вакцин. Поэтому так важно следить за изменениями его РНК (напомним, что именно в РНК, а не в ДНК, коронавирусы хранят наследственную информацию).
Новый инструмент поможет отслеживать мутации в возбудителе заболевания COVID-19.
Иллюстрация Pixabay.
На начало апреля в общедоступных базах данных содержались геномы SARS-CoV-2, полученные более чем от четырёх тысяч пациентов. Однако полная молекула РНК вируса содержит более тридцати тысяч оснований. Проанализировать такой объём данных непросто.
Авторы нового исследования выделили в геноме коронавируса участки длиной в один нуклеотид, наиболее информативные с точки зрения его мутаций. Оказалось, что таких фрагментов всего 17. Вместе они образуют своего рода паспорт генетического подтипа вируса. Биологи назвали его информативным маркером подтипа (ISM).
То есть, чтобы распознать тот или иной патоген, учёным достаточно изучить эти 17 фрагментов. Благодаря этому подходу необязательно исследовать полный геном SARS-CoV-2, чтобы сказать, принадлежит ли он к одному из уже известных генетических подтипов или претерпел значительные мутации. Достаточно проанализировать лишь часть. Розен сравнивает это с быстрым сканированием штрих-кода товара в супермаркете.
Как поясняет учёный, в США уже распространились не менее шести, а то и десяти генетических подтипов коронавируса. Некоторые из них были завезены из разных стран Европы, другие - из Азии, и как минимум один выделился в результате мутаций, произошедших с патогеном уже на американском континенте.
Основные подтипы SARS-CoV-2, обнаруженные в разных странах. Дата - день, когда подтип был выявлен впервые. Все подтипы с распространённостью менее 5% отмечены как OTHER.
Иллюстрация Drexel University.
Технология ISM позволяет быстро отслеживать распространение коронавируса из разных географических источников и тем самым определять эффективность каратинных мер. Кроме того, впоследствии медики получат возможность анализировать течение болезни и эффективность того или иного лечения и профилактики с учётом конкретного подтипа вируса, который распространяется в изучаемом регионе.
Исследование дало ещё один важный результат: оно помогло выявить участки генома коронавируса, которые одинаковы у всех его разновидностей. "Вести.Наука" (nauka.vesti.ru) уже писали о том, что именно здесь находятся его уязвимые места.
К слову, ранее мы рассказывали о расшифровке генома коронавируса российскими учёными и первых изображениях коронавируса SARS-CoV-2, а также фотографиях, на которых патоген заражает клетку.
Текст:
Вести.Наука
На острове Лонг-Айленд в США обнаружили тело 82-летнего фотографа Питера Бирда. Он пропал еще 31 марта, с тех пор его поисками занимались полиция, спасатели и волонтеры, в поисках были задействованы вертолеты, дроны и кинологи с собаками.
Тело Бирда обнаружили на территории природного парка в местности Монток (штат Нью-Йорк). Как пишет Daily Mail, он страдал старческой деменцией и перенес как минимум один инсульт.
Обстоятельства исчезновения Бирда остаются неизвестными. Последний раз его жена видела его на их участке днем 31 марта. Его тело нашли на расстоянии 1,6 километра от дома.
Бирд известен фотографиями африканской дикой природы, а также бурной личной жизнью и знакомством со знаменитостями, такими, как художник Энди Уорхол. Он был женат на модели Шерил Тигс и имел роман сестрой Жаклин Кеннеди-Онассис – Ли Радзивидлл. Кроме того, Бирд привез в США из Сомали девушку по имени Иман, которая впоследствии стала супермоделью и вышла замуж за музыканта Дэвида Боуи.
Поклонники Надежды Бабкиной продолжают надеяться на ее скорейшее выздоровление и ждут ее видеообращения, которое пообещал записать молодой друг певицы – артист Евгений Гор.
Ранее в своем "Инстаграме" он сообщил, что "у Надежды все хорошо", все страшное позади, и она уже может обходиться без поддерживающих средств.
Гор также пообещал записать ее видеообращение, когда появится такая возможность.
20 апреля исполнительный директор театра "Русская песня" Антон Собянин рассказал РИА Новости, что Надежда Бабкина, госпитализированная в первых числах апреля с пневмонией, "продолжает поэтапное лечение".
Ранее пресс-атташе театра "Русская песня" и Надежды Бабкиной Александр Велор сообщил Вестям.Ru, что коронавирус у нее обнаружен, певица в сознании, стабильна и с хорошей положительной динамикой.
На прошлой неделе уровень самоизоляции томичей опустился до критических показателей. Такие данные зафиксировал сервис "Яндекс".
В период с 13 по 17 апреля уровень самоизоляции жителей Томска в среднем держался на отметке в 2,1 балла. Это означает, что граждане не соблюдают ограничительные меры. На выходных рейтинг улучшился и вырос до 3,3 балла. Однако сегодня на улицах снова оказалось очень много людей - 2,3 балла, передает ГТРК "Томск".
Отметим, что жители Северска оказались гораздо более ответственными. На протяжении всей прошлой недели рейтинг самоизоляции здесь показывал — 2,6 — 2,9 балла. А к входным держался на уровне 3,6 балла. Людей на улицах города достаточно много, однако существенно меньше, чем в Томске.
Среди городов с численностью населения более полумиллиона человек, Томск продемонстрировал один из худших показателей. Хуже дела обстоят только во Владивостоке, Новокузнецке и Кемерово.
Текст:
ГТРК "Томск"
Экономика Испании сократится от 6,8% до 12,4% в этом году в зависимости от того, как долго продлятся ограничительные меры, которые были введены для борьбы с распространением коронавируса, передает Reuters со ссылкой на заявление Банка Испании.
Блокировки были впервые введены в стране в середине марта на восемь или двенадцать недель, поэтому испанский центробанк наметил различные экономические сценарии последствий введения блокировок.
Испанский центральный банк заявил, что испанская сторона понесет серьезные потери, как и ряд других стран, однако большая неопределенность до сих пор сохраняется.
В любом случае ожидается, что экономический рост начнется во второй половине года, что приведет к "значительному восстановлению" в 2021 году с прогнозируемым ростом от 5,5% до 8,5%.
Ранее сообщалось, что правительство Испании хочет продлить действие режима повышенной готовности в стране для борьбы с распространением коронавируса до 9 мая включительно, сообщил глава испанского правительства Педро Санчес в своем телеобращении к согражданам 18 апреля.
"На сегодняшний день невозможно отменить меры по изоляции", — заявил премьер
При этом Санчес пообещал некоторое послабление для детей с 27 апреля, чтобы они могли выходить на улицу.
